济宁医学院公共卫生研究院筹建于2021年，规划占地面积5000m2，研究人员32名，依托学校公共卫生科研平台、职业卫生与环境医学重点实验室，下设预防医学研究院和海洋生物学研究院两个分院。
预防医学研究院位于学校任城校区（济宁市任城区），由1-2名高层次人才牵头组建，人员总数20名，以预防医学、卫生检验检疫等传统优势专业为主体组建科研团队、建设科研平台，主要开展预防医学领域的科研、教学、社会服务等工作。分院公共卫生科研平台建设一期工程已基本完成，仪器设备购置基本到位，科研、教学、研究生培养、社会服务等工作已经开展，与济宁市太白湖新区管理委员会、山东悦铭环保科技有限公司的合作项目正在推进中。
海洋生物学研究院位于学校日照校区（日照市东港区），由2名高层次人才牵头组建，人员总数拟定12名。该分院将通过与日照市卫健委的合作共建（已与日照市人民政府签署了合作共建的框架协议），主要开展公共卫生领域海洋生物学方面的科研、教学、人才培养及社会服务工作。分院正在进行实验室布局和改造设计，所需的仪器设备正在采购中。
济宁医学院公共卫生研究院将立足科学研究，加快成果转化，同时配合地方政府应对和解决公共卫生领域中的各项问题，充分发挥高校服务社会的职能，为建成区域内一流的公共卫生研究机构而努力奋斗。